Si desaparecieron las carpetas de su pendrive o disco externo, lo mas probable es que fue infectado por un malware. Lo que debe hacer es escanear con el programa USBFix el dispositivo y las pc en donde fue enchufado.
UsbFix es un programa diseñado para combatir las infecciones de virus informáticos (malwares) que se propagan a través de Unidades Extraíbles (Pendrives, FlashMemory, Discos Duros externos, Memorias USBs, etc…) erradicándolos y vacunando los mismos para evitar futuras infecciones.

1. Descargar el programa en el siguiente sitio https://www.infospyware.com/utiles/usbfix/
2. Ejecutar el programa y siga las opciones encerradas en color verde en las imágenes. En algunas ocasiones el soft va a abrir el navegador de internet, ciérrelo.
   
   
   
   
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4. Antes de continuar, enchufe a la pc todos los dispositivos que están infectados. Si son muchos dispositivos, puede repetir el procedimiento cuantas veces lo necesite.
   
   
   
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7. Una ves terminado el escaneo y limpieza, se abren varias ventanas, ciérrelas y reinicie la pc.
   
   
   
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9. Listo. (Recuerde de reiniciar la pc, porque la herramienta cerro varios servicios antes de escanear)

Consejo: Para evitar que su pc se infecte al usar un pen drive, seria bueno que deshabilite el autorun del sistema. (Tutorial aquí)

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